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氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)

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氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實現DNA 甲基化的精確檢測
產品介紹

oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率

5hmC是被認為第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;

氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實現DNA 甲基化的精確檢測;

而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

艾斯團隊專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;

嚴格的oxBS文庫構建質控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;

已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;

專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型/文庫類型

樣本要求

基因組DNA (WGBS + oxWGBS)

總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

基因組DNA (RRBS + oxRRBS)

總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

基因組DNA (TBS + oxTBS)

總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

細胞、全血、新鮮冷凍組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

oxBS-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估

通過內參進行質控文庫

3、與參考基因組比對

比對率和覆蓋度分析

4、5mC/5hmC位點Calling

評估胞嘧啶甲基化狀態

5、5mC/5hmC圖譜分析

5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布

6、組間差異DMR/DhMR分析

尋找DMR/DhM及注釋

7、差異5mC/5hmC基因分析

DMG富集分析GO,KEGG

8、多樣本聚類分析

PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律

高級分析

9、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

10、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘

氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)
氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)

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oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率

5hmC是被認為第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;

氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實現DNA 甲基化的精確檢測;

而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

艾斯團隊專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;

嚴格的oxBS文庫構建質控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;

已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;

專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型/文庫類型

樣本要求

基因組DNA (WGBS + oxWGBS)

總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

基因組DNA (RRBS + oxRRBS)

總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

基因組DNA (TBS + oxTBS)

總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

細胞、全血、新鮮冷凍組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

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分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估

通過內參進行質控文庫

3、與參考基因組比對

比對率和覆蓋度分析

4、5mC/5hmC位點Calling

評估胞嘧啶甲基化狀態

5、5mC/5hmC圖譜分析

5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布

6、組間差異DMR/DhMR分析

尋找DMR/DhM及注釋

7、差異5mC/5hmC基因分析

DMG富集分析GO,KEGG

8、多樣本聚類分析

PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律

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9、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

10、其它定制化分析

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