oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;
重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實現DNA 甲基化的精確檢測;
而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點技術及質控,用心服務每一個項目
艾斯團隊專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構建質控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;
專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質量評估 | 過濾掉低質量數據,保證數據質量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過內參進行質控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態 | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學整合關聯分析 | 例如與轉錄組關聯分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點挖掘 |
oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;
重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實現DNA 甲基化的精確檢測;
而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點技術及質控,用心服務每一個項目
艾斯團隊專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開發羥甲基化測序技術的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構建質控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文;
專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。
科學方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型/文庫類型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質量評估 | 過濾掉低質量數據,保證數據質量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過內參進行質控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態 | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學整合關聯分析 | 例如與轉錄組關聯分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點挖掘 |
在線留言
相關產品
復制成功
×