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染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

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染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術
產品介紹

染色質免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術,

是研究蛋白質與DNA相互作用的經典手段;

通過將測序獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,

從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

用心服務每一個項目

較早開發動植物ChIP技術團隊之一,

已完成人、小鼠等多種物種進行染色質免疫共沉淀測序分析,

助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發表多篇論文。

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

ChIP富集DNA

總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

細胞沉淀

組蛋白修飾1x10*7細胞;轉錄因子5x10*7細胞

動植物組織

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

ChIP-Seq

分析內容

備注

標準化分析

1、測序數據質量評估

去除低質量數據及接頭序列

2、與參考基因組比對

測序reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點

4、Motif分析

尋找修飾或者結合序列的偏好性

5、Peak圖譜分析

Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、Peak相關基因注釋

尋找修飾或者轉錄因子結合基因

7、組間差異Peak分析

尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域

8、差異Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

9、多組學整合關聯分析

例如,與轉錄組等數據關聯分析

10、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘


染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)
染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

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染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術
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染色質免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術,

是研究蛋白質與DNA相互作用的經典手段;

通過將測序獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,

從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

用心服務每一個項目

較早開發動植物ChIP技術團隊之一,

已完成人、小鼠等多種物種進行染色質免疫共沉淀測序分析,

助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發表多篇論文。

科學方案設計

從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

ChIP富集DNA

總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

細胞沉淀

組蛋白修飾1x10*7細胞;轉錄因子5x10*7細胞

動植物組織

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

信息分析

ChIP-Seq

分析內容

備注

標準化分析

1、測序數據質量評估

去除低質量數據及接頭序列

2、與參考基因組比對

測序reads 在基因組上的分布

3、Peak峰Calling

尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點

4、Motif分析

尋找修飾或者結合序列的偏好性

5、Peak圖譜分析

Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、Peak相關基因注釋

尋找修飾或者轉錄因子結合基因

7、組間差異Peak分析

尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域

8、差異Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

9、多組學整合關聯分析

例如,與轉錄組等數據關聯分析

10、其它定制化分析

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